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细菌全基因重测序




细菌全国际重测序(Bacterial Whole Genome Re-sequencing),是指对有参考国际的细菌个体或群体进行登陆量测序(待测菌株与参考国际的序列相似性 ≥ 98%),将测序数据比对至参考国际上,获得细菌个体或群体相对于参考国际的 SNPInDelCNV SV 等一系列变异信息,常用于登陆新物种的鉴定检测分析。

产品参数



产 品

文库插入片段大小(bp)

测序平台及测序模式

测序深度

交付指标

项目周期

重测序A

300 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

数据量

30 个自然日

重测序B

300 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

数据量

35 个自然日

技术线路

细菌国际重测序技术路线.jpg

 

信息分析内容



序 号

分析项目

类 别

分 析

备 注

1

原始数据整理统计

A

2数据质控A

3高质量数据获取A

4参考国际整理A

5序列比对分析A

6序列比对结果统计A

7

SNP检测及注释

A



8

INDEL检测及注释

A



9

CNV分析

A



10

SV分析

A



11

非同义SNP及Indel的可视化

B



12

基于群体SNP的进化树重构

B



13

基于群体SNP的PCA分析

B



14

国际序列拼接

B



15

国际拼装效果评价

B


样 品 ≥ 3

16

全基因序列比对

B


样 品 ≥ 3

17

特有区域的功能分析

B


样 品 ≥ 3

18

外源插入片段检测

B


提供参考国际

19

耐药位点检测

B


样品 ≥ 20,包含耐药和敏感型菌株

A:标准信息分析B:高级信息分析。




分析结果展示



细菌国际重结果展示.jpg


登陆菌种鉴定分析登陆组分析登陆检测分析 动植物国际分析转录调控

   真菌全国际重测序

   细菌全基因重测序

   登陆新种鉴定分析

   登陆菌种多相鉴定分析

   酵母菌快速鉴定分析

   登陆序列分析

   菌群多样性组成谱全长测序

   菌群多样性组成谱测序

   宏国际测序分析

   宏转录组测序分析

   标记基因全长测序

   扩增子/功能基因测序

   第三代登陆量测序平台

   真菌国际de novo测序

   细菌全国际完成图测序

   真菌近完成图测序

   PCR-DGGE菌群分析

   环境中活菌群分析

   产品登陆娱乐

   产品污染菌分析

   动植物国际全长三代测序

   动植物国际de novo测序

   SSR分子标记开发

   全国际关联分析

   群体进化关系

   遗传图谱构建

   BSA性状定位

   全长转录组测序

   全转录组测序

   转录组测序

   Small RNA测序

   SSR/STR/微卫星DNA技术

   扩增片段长度多态性(AFLP)


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