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BSA性状定位




BSAbulked  segregant  analysis)译为混合分组分析法,指利用目标性状存在极端表性差异的两个亲本构建家系,在子代分离群体中,选取两组表型差异极端的个体分别构建混池,对混池和亲本进行全国际重测序,检测与目标性状相关联的位点并对其进行注释,研究控制目标性状的基因及其分子机制。




自然突变基因定位:QTLseq

人工诱变基因定位:Mut Map



产品参数




研究类型

样本选取

测序平台

测序深度

项目周期

QTL

亲本:2个极端表型亲本

子代:极端表型个体混池, 每个池至少20个个体

Illumina Hiseq PE400,150*2

亲本 ~20× 子代混池 ~30×

45天

MutMap

亲本:1个野生型表型亲本子代:极端表型个体混池, 每个池至少20个个体

亲本 ~20× 子代混池 ~30×


 

技术线路:

BSA性状定位技术路线.jpg

信息分析内容:



序 号

分析项目

类 别

分 析

1

数据过滤、整理及质量评估

A

2

数据质控

A

3

高质量数据获取

A

4

参考国际整理

A

5

序列比对

A

6

序列比对结果概述

A

7

SNP检测统计

A

8

SNP 注释

A

9

InDel检测统计

A

10

InDel 注释

A

11

SNP index 计 算

A

12

SNP index差异分布

A

13

目标区域性定位

A

14

候选SNP及基因筛选

A

A:标准信息分B:高级信息分C:个性化分析




分析结果展示




BSA性状定位分析结果.jpg

Pu H, Hui J, Zhu C, et al. Sparse panicle1 is required for inflorescence development in Setaria viridis and maize[J]. Nature Plants, 2017, 3(5):17054.

 
 
 

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