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真菌国际de novo测序




真菌全国际从头测序(Fungi Whole Genome de novo Sequencing),是指对国际序列未知或无近缘物种国际信息的某个物种,构建不同插入片段的国际DNA文库并对文库进行序列测定,然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释,从而获得该真菌的全国际序列图谱。



产品参数



产 品

文库插入片段大小(bp)

测序平台及测序模式

测序深度

交付指标

项目周期

框架图A

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

无基因预测和注释

30 个自然日

框架图B

400 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

无基因预测和注释

35 个自然日

框架图C

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

含基因预测和注释

40 个自然日

框架图D

400 ~ 500

Illumina HiSeq,PE150

~100 ×

含基因预测和注释

45 个自然日

完成图

400 ~ 500

Illumina MiSeq,PE251

~100 ×

简单真菌1

Contig N50 ≥ 500 kb 复杂真菌2

Contig N50 ≥ 300 kb

60 个自然日

20,000

PacBio

~100 ×


1、简单真菌:35% ≤ G+C% ≤ 65% 且杂合度 ≤ 0.5%且国际 ≤ 40 Mb

2、复杂真菌:G+C% > 65% G+C% > 35%或杂合度 > 0.5%或国际 > 40 Mb

Contig N50:将组装得到的 Contig 按序列长度从长到短排序并依次累加,当累加长度正好达到序列总长度 50% 时,最后一条序列的长度。

技术线路

真菌国际de novo测序技术路线.jpg

信息分析内容



序 号

分析项目

类 别

分 析

备 注

1

下机数据统计

A



2

数据质控

A



3

高质量数据获取

A



4

Survey 分析

A



5

国际拼装

A



6

国际拼装效果评价

A



7

国际拼装完整性与连续性评估

A



8

重复序列分析

A



9

非编码 RNA 预测

A



10

蛋白编码基因预测

A



11

碳水化合物活性酶(CAZy)分析

A



12

细胞色素 P450 家族分析

A



13

蛋白编码基因的序列比对

A



14

蛋白编码基因的 GO 注释

A



15

蛋白编码基因的 eggNOG 注释

A



16

蛋白编码基因的 KEGG 注释

A



17

蛋白编码基因的 Swiss-Prot 注释

A



18

蛋白编码基因的结构域分析

A



19

序列比对分析

A



20

SNP 分析

A



21

InDel 分析

A



22

基因家族分析

B


国际数量 ≥ 2

23

Venn 绘制

B


国际数量 ≥ 2

24

单拷贝基因的蛋白序列一致性分析

B


国际数量 ≥ 3

25

基因家族扩张和收缩分析

B


国际数量 ≥ 3

26

dNdS 分析

B


国际数量 ≥ 2

27

基于全国际单拷贝基因的进化树重构

B


国际数量 ≥ 3

28

分歧时间估算

B


国际数量 ≥ 3

29

国际数据上传

B



30

国际圈图绘制

A



文本框: 真菌全国际测序A:标准信息分析B:高级信息分析。




分析结果展示



真菌国际de novo测序结果展示.jpg