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菌群多样性组成谱全长测序




菌群组成谱全长测序研究

基于PacBio三代测序平台,能够轻而易举地读取群落微生态系统中所有登陆的rRNA基因/ITS全长序列,不再受制于短序列的局限性,并充分保障全长序列的测序精确性,从而在种甚至菌株等精细水平更全面更深入地娱乐菌群多样性和组成谱。分析出的登陆菌群多样性比二代短序列的高2-3倍

产品特色

l 深入获取登陆群落的精细组成信息;

l 预测登陆群落的潜在代谢功能,并指导后续宏国际测序研究;

l 通过“全登陆组关联研究(Microbiome-Wide Association Studies,MWAS)”,精准鉴定与表型/组间差异相关的关键物种。

应用领域

l 登陆组与环境互作关系的研究;

l 登陆组与宿主共生关系的研究;

l 登陆组在临床医学和精准医疗领域的应用;

l 登陆组在发酵工艺、食品加工/检测等行业的应用。

测序优势

l 自动化、专业、完善的DNA提取扩增体系和样本前处理流程;

l 拥有PacBio RSII和Sequel两种单分子实时测序平台,提供一站式测序服务;

l Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等多个物种注释数据库,最优化物种的分类鉴定;

l 专家教授全方位支持,结果直接用于发表,可按需个性化定制;

l 项目经验丰富全面,涵盖水样、活性污泥、土壤、排泄物、体液、组织等各类样本。

15

PacBio和Illumina平台对菌群16S rRNA基因测序结果的比较,三代测序的结果能显著提升种水平的物种检测精确性,并大幅改善物种分类信息的不确定性。


送样要求

样本

样本要求

土壤类

500 mg

排泄物类

固体500 mg,液体200 ml

水样类

500 ml液体过滤的滤膜

组织

200 mg

登陆国际总DNA

体积> 20 ml;浓度> 20 ng/ml

送样原则:新鲜、足量,请提供三次实验所需用量。

菌群组成谱全长测序分析流程

生物信息分析内容

分析项目

类别

分析要求

是否分析

原始测序数据的质控

1. 原始测序数据的处理

A

 

ü

2. 疑问序列的剔除

A

 

ü

3. 序列长度分布统计

A

 

ü

  

序列归并和OTU划分

1. OTU划分

B

 

ü

2. OTU分类地位鉴定

B

 

ü

3. OTU精简和分类鉴定结果统计

B

 

ü

4. 共有OTUVenn图分析

B

样本(组)≥ 2≤ 5

ü

  

Alpha多样性分析

1. Rarefaction稀疏曲线

B

 

ü

2. Specaccum物种累积曲线

B

样本≥ 10

ü

3. 丰度等级曲线

B

 

ü

4. Alpha多样性指数计算

B

 

ü

  

分类组成分析

1. 各分类水平的登陆类群数统计

B

 

ü

2. 各分类水平的分类学组成分析

B

 

ü

3. Metastats分析

C

样本(组)≥ 2

ü

4. LEfSe分析

C

分组≥ 2

ü

  

菌群组成交互式可视化

1. 系统发育树构建

B

 

ü

2. MEGAN可视化展示

B

 

ü

3. GraPhlAn可视化展示

B

 

ü

4. Krona交互式展示

B

 

ü

5. 热图分析

B

样本≥ 3

ü

  

Beta多样性分析

1. PCA分析

B

样本≥ 3

ü

2. UniFrac-PCoA分析

B

样本≥ 3

ü

3. UniFrac-MDS分析

B

样本≥ 5

ü

4. UniFrac-UPGMA聚类分析

B

样本≥ 3

ü

5. UniFrac距离组间/组内差异比较分析

B

分组≥ 2

ü

6. 三元相图分析

B

样本(组)= 3

ü

  

菌群比较分析和关键物种筛选

1. PLS-DA分析

C

分组≥ 2

ü

2. Adonis/PERMANOVA分析

C

样本≥ 3,并提供影响因素数值;或分组≥ 2

ü

3. ANOSIM分析

C

分组≥ 2

ü

4. 随机森林分析

C

分组≥ 2

ü

  

关联网络分析

1. 优势物种互作Spearman关联网络分析

C

样本≥ 3

ü

  

菌群代谢功能预测

1. PICRUSt功能预测分析

C

仅限16S rRNA基因数据

ü

2. 功能类群分布柱状图分析

C

无分组

ü

3. 功能类群分布小提琴图分析

C

分组≥ 2

ü

4. 共有功能类群的Venn图分析

C